İnsanların birlerce yıl boyuncu yerleşik olarak yaşadıkları Bodrum, inanılmayacak kadar zengin bir geçmişe sahiptir. Birçok büyük uygarlığın ve tarihi olayların içinde veya yakınlarında oluşmuş olması, Halikarnas'ı (Bodrum'un eski adı) tarihçiler için önemli bir yer konumuna getirmiştir. Bodrum hakkındaki tüm bilgilerin tek bir kaynaktan elde edilmesi olanaksız gibidir; bu nedenle aşağıdaki bilgiler birçok kaynaktan derlenmiştir.
u bölgede yapısal izler bırakan ilk yerleşim yeri; Aziz Peter (St. Peter) kalesinin bulunduğu şimdiki küçük kayalık adaydı. (O zamanlar kale tamamen suyla çevriliydi). St. John şövalyeleri kendi kalelerini inşa etmeye geldiklerinde, M.Ö. 1100'lerde Dorlar tarafından yapılmış daha eski bir kalenin kalıntılarıyla karşılaşmışlardı.
M.Ö. 5'ci yüzyılda yaşamış olan ve "Tarihin Babası" olarak tanınan Herodot, Halikarnas'ta doğmuştur. Herodot, Dorlar'ın, Peleponez'in doğu kıyılarında Trözen'den geldiğini yazmıştır. Dorlar, yeni adalarına Zefiriya, yerleştikleri bölgeye de Zefiriyum adını verdiler.
Tarihçiler, Harikarnas'ın temellerinin nereye dayandığı hakkında çok az bilgiye sahiptirler. Halikarnas hakkındaki ilk bilgiler M.Ö. 7.y.y.'a dayanır. Halikarnas, Heksapolis-Dor Konfederasyonu'na bağlı altı üyeden biriydi. Ayrıca karada Knidos şehri, Kos adası ve Rodos üzerindeki üç şehir de bu üyeler arasındaydı.
Bu şehirleri kurmak, oraya sonradan gelerek çevreyi önceki sakinleriyle paylaşmak zorunda kalan Dorlar için hiç de kolay değildi. Karyalılar olarak bilinen bölge yerlilerinin yoğun ve şiddetli saldırılarından kendilerini korumak zorundaydılar. Homeros "İliyada"sında Karyalılar'dan "dil barbarları" diye söz etmiştir. (Bununla birlikte, bir çok dilbilimci, Bodrum'un da içinde bulunduğu bölgedeki lehçenin Türkiye'nin batısındaki en kaba lehçe olduğunu belirtmiştir). Eski tarihçiler, Karyalıların Yunanlılar'a miğferlerinin üzerindeki sorgucu nasıl takacaklarını ve önceleri omuz hizasına savrularak kullanılmakta olan kalkan kabzasını nasıl kullanacaklarını öğrettiklerini yazmışlardır.
Bir Yunanlı'nın Salmakis'te han açmasıyla (bu han günümüzde, Bodrum limanının batısında, şimdiki Bardakçı Koyu'nun suları altında kalmıştır) Dorlar ve Karyalılar bölgeyi birlikte yönetir duruma gelmişlerdi; hatta Karyalılar zamanla kolonidekilere oranla daha düzenli bir yaşantı kurdular. Her iki ırk da barış içerisinde yaşamağa başladı ve karşılıklı ticari ilişkilere de girişildi.
Salmakis pınarının bir çok rahatlatıcı özellikleri olduğu rivayet edilmiştir. Bir başka rivayet de, içimi mükemmel olan bu suyun erkekleri yumuşattığı, efemineleştirdiği, hatta bazı durumlarda iktidarsızlaştırdığı hakkındadır. Bu iddialar sonucunda da Hermafrodit efsanesi doğmuştur.
Rivayete göre, güzellik Tanrıçası Afrodit'in delikanlılık çağındaki oğlu bir gün çeşmeden akan suyun oluşturduğu bir gölde yüzer. Gölün perisi Salmakis, ona aşık olur ve tanrılara tek bir vücutta yaşayabilmeleri için yalvarır. Dileği kabul edilir; tanrılar da yarı erkek, yarı kadından oluşan Hermafrodit'i yaratırlar.
Herodot, Halikarnas'ın çevresinde İyonyalı denilen bir grup yerli halkın giderek çoğaldığını, hatta iki halkın içiçe yaşadıklarını yazmıştır. Bu durum Heksapolis'in diğer sakinlerinin pek hoşuna gitmemiş ve bir Halikarnaslı'nın yanlış bir davranışı, Halikarnas'ın ittifaktan kovulmasına zemin hazırlamıştır.
pollo'nun onuruna her yıl düzenlenen Tropium'daki oyunlara altı şehir de katılır. Bir yıl, Agasides adındaki bir Halikarnaslı bronz madalyayı kazandığında, törelere uyup, ödülü Apollo'ya adamak yerine, evindeki duvara asınca, diğer Dor şehirlerini öfkelendirmiş ve Halikarnas'la ilişkilerini kesmeleri için onlara yeterli nedeni sağlamış oldu.
M.Ö. 5'ci y.y.'da Halikarnas tamamiyle bir İyon şehri görünümündeydi. Herodot ve amcası Panyasis o sıralarda eserlerini İyonca'da yazmışlar, bu döneme ait hiç bir eserde de Dor lehçesinin izine rastlanmamıştır.
M.Ö. 546'da Persler (İranlılar) kıyıdaki Yunan şehirlerini işgal etmişler, Halikarnas da diğer şehirlerle birlikte düşmüştür. Pers yönetiminde birçok hanedan, şehri yönetimiştir. Bunların en ünlüsü de M.Ö. 480'de yönetime geçen I.Artemis'tir.
Herodot yazılarında, bu dikkat çekici kadına geniş yer vermiştir; o sıralarda Yunanistan'I istila etmekte olen Zerzes'in donanmasına I. Artemis'in gereksizce gönüllü asker toplanması hakkında şöyle yazar: "…erkekçe tavır ve davranışları onu savaşa sürükledi… Yunanistan'a yapılan saldırıya, kadınlığını gözardı ederek katılması, beni gerçekten de etkilemiştir…". Bu saldırıda bir savaş gemisini büyük bir başarıyla kumanda etmesi, Zerzes'e "Emrindeki erkekler kadın, kadınlarsa erkekçe davrandılar" dedirtmiştir.
Artemis'in oğlu Pisindalis, onun ardından başa gelmiş ve Halikarnas'ın (Kos ve başka şehirler de olmak üzere) yönetimini sürdürmüştür. Tarihçiler Pisindalis dönemi hakkında pek yorum yapmazken, oğlu II. Lidamis için acımasız, zalim ve baskıcı sıfatlarını kullanmaktan kaçınmamışlardır. Herodot, II. Lidanis'in otoritesi ve zulmü karşısında dayanamayarak anayurdunu bırakıp, Samos adasına gitmiştir. 1856'da arkeolog Sir Charles Newton,
II. Lidanis'in kendi politikasına uymayan görüşlere karşı olduğu olumsuz tavrı açıkça ortaya koyan bir kanun belgesi bulmuştur. II. Lidanis'in ardından kimin yönetime geldiği, ya da zulmünün neden ve nasıl sona erdiği hakkında hiç bir bilgiye sahip olmamakla beraber, bölgede M.Ö. 4 ci y.y.'da büyük bir değişimin yaşandığını söyleyebiliriz.
Bir önceki yüzyılda, Pers yönetimi bölgeden atıldıktan kısa bir süre sonra, Atina ile Persler arasında imzalanan "Kral Barışı" antlaşmasıyla, Asya'daki şehirlerin yönetimi tekrar Perslerin idaresine geçmiştir. Persler bölgeyi küçük prensliklere bölmüş ve M.Ö. 377'lerde Kral Mozulus, Karya ve Halikarnas valisi olarak bölgeyi yönetmiştir.
Mozolus'un iktidarına kadar Halikarnas oldukça küçük bir şehir niteliğindeydi, ancak Mozolus'un bu bölge için müthiş projeleri vardı. Ayrıca, bu bölgenin istihkam ve ticaret için çok elverişli olduğunun da farkındaydı. Başkent, Milasa'dan (bugünkü Milas) buraya taşıyarak şehrin etrafına büyük ve uzun duvarlar inşa ettirmişti; bu duvarların günümüze kadar ulaşan bölümleri halen Bodrum'dadır. Bölge nüfusunu arttırmak amacıyla Mozolus, diğer altı şehrin yerleşim yerlerini de buraya taşıttı. Mozolus, bu projelerini uygulayabilmek için, idaresinde halkı ağır vergilere boğdu. Öyle ki; "omzu aşan uzunluktaki saçtan bile vergi alacak kadar…".
Mozolus'un projelerinden biri de, klasik çağdaki Bodrum'dan günümüze ulaşabilen tek yapı olan Antik Tiyatro'dur. Bodrum'un ortasındaki Göktepe dağının güney eteklerindeki bu tiyatro, Anadolu'nun en eski tiyatrolarından biridir. 1960'larda bir grup Türk tarafından restore edilen bu tiyatro, günümüzde de Bodrum'daki bir çok festivale sahne olmaktadır.
Tiyatro'yu görmeye gelen turistler orada öylece oturup, limandan çıkan ve limana yanaşan tekneleri izlerlerken, o keyifli saatlerin nasıl da geçiverdiğini farketmezler. Tiyatronun ilginç nitelikleri arasında, oyunlardan önce Diyonyus uğruna kurbanların kesildiği sunağı ve bazı koltukların arasındaki, belki de gölgelik olarak kullanılmış olabilecek delikleri sıralayabiliriz. Her koltuk arasında 40 cm.'lik bir mesafe bırakılmış olan tiyatro 13.000 kişi kapasitelidir. Göktepe dağına kısa bir tırmanış sırasında, taştan oyulmuş mezartaşlarını görebilirsiniz. Roma ve Helenistik çağdan kalan bu oyulmuş mezartaşları, bir zamanların ölüm sembollerini ve çeşitli lahitleri hala üzerlerinde taşımaktadırlar (bazı kalıntılar halen kale müzesinde sergilenmektedir).
Mezarlarda görülen sembollerden biri de küçük "gözyaşı kapları" dır. Bu yüksük büyüklüğündeki kaplar yas tutanların gözyaşlarıyla doldurularak, ölüyle birlikte gömülürdü. Bir kişinin önemi arttıkça, "gözyaşı kapları"nın sayısı da artardı. Mozolus M.Ö. 353'te ölünce kızkardeş-karısı Artemis II başa geçti.
Artemis II yalnızca onüç yıl tahtta kaldı, fakat iki önemli iş yaptı; biri, tarihsel çağların yedi harikasından biri olan Kral Mozolus'un mezarının inşaatını sürdürmekti ("mozole" sözcüğü buradan alınmıştır), diğeri de, I. Artemis'in zekası ile rekabet edebilecek düzeyde yaptığı bir savaştı.
Pilini ve diğer tarih yazarları mozolenin gerçek bir harika olarak korunması konusunda fikir birliğindeydiler. Deniz üserindeki oldukça uzak bir noktadan bakıldığında, 20 katlı bir bina kadar yüksek görülüyordu. Bugün bu yeri görmeye gelen ziyaretçiler, ondaki görkemi ancak hayal edebilmektedirler. Mozole 1500 yıl boyunca ayakta kalabilmişse de, bir zelzele sonunda harabeye dönmüştür. Daha sonra Aziz Jhon'un Şövalyeleri buraya gelerek, harabedeki kalıntıları, kendileri için inşa ettikleri kalenin duvarlarının yapımında kullanmışlardır.
Bu mozolenin genel olarak kabul edilmiş bulunan görünümü şöyledir Boyu eninden uzun, dört bölümden oluşmuş halde ve sağlam bir taban üzerinde sıra halinde dizili 36 kolonluk bir salon ve sonra 24 basamaklı ve basamakların en üstünde, Mozolus ve Artemis'in heykelleri de bulunan ve dört atın çektiği bir arabanın olduğu bir piramit. Duvarların dört bir yanı zamanın en büyük ustalarının freskleriyle bezenmişti ve mozolenin bu derece muhteşem bir yapıt olmasının nedeni de bu duvar freskleriydi. Bunların bazı parçaları İngiltere'deki Castle Müzesi içinde bulunan Britanya Müzesi'ne (British Museum) taşınmıştır; ancak bazı sütun ayakları ve bloklar da yerinde görülebilmektedirler (bunların pek çoğu da kalenin duvarlarındadır).
Artemis'in ustaca yaptığı ve anılardan hiç silinmeyen ikinci önemli iş de Rodos'u kuşatmaktı. Rodoslular, Karyalı bir kadın hükümdar ile pazarlığa oturmanın yakışık almayacağını düşündüler (hem kim bilir, belki de bu bir fırsattı), Artemis'I oradan kovmak için bir donanma gönderdiler. Artemis bu planı önceden duydu ve kuvvetlerini ana limanın yakınındaki gizli bir limana sakladı. Rodoslular karaya yanaşarak çıktıklarında, Artemis'in adamları gemileri tekrar açık denize doğrulttular. Rodoslu askerler kuşatıldı ve pazaryerinde başları kesildi. O sırada Karyalılar onlara ait gemileri Rodos'a yönelttiler. Rodoslular kendi askerlerinin zaferle döndüğünü sanarak, düşman askerlerini karşıladılar ve böylece Karyalıların kucağına düşmüş oldular. Artemis'in varisleri, onun kadar önemli işler yapmamışlardır.
üyük İskender büyük bir hızla Anadolu'yu talan etmeye başladı ve bir süre sonra M.Ö. 334'de Halikarnas'a gelerek Karya Prensliği'nin kralicesi Orontabatis'e ulaştı. Bu şehir, Persler için, İskender'e Ege'de karşı çıkabilecekleri son fırsattı. Böylece Orontabatis, Yunanlı paralı askerlerden büyük bir Pers ordusu kurdu. Tarihçilerden Diodius ve Aryan'a göre, her iki taraf da olağanüstü gayretlerle savaştı. Bu arada Halikarnaslılar da, İskender'I oldukça kızdıran bir direnişi inatla sürdürdüler. İskender de askerleriyle şehrin surlarından içeri girdi ve kendisine engel olan direnişçilere ceza olarak, her şeyin yığınlar halinde yakılmasını emretti (fakat yerli halka dokunmadı).
Bir yandan, kıyıdan uzaktaki bu altı şehre yeni yerleşmekte olan halk, kendi topraklarına geri gönderilirken, diğer yandan Orontabatis ve Persli ortağa Memnon, biri ana limanın doğusunda, diğeri ise batısında bulunan Salmakis ve Zefsiya'daki şatolarda mahsul tutuldular. Donanmalarının geri kalanı Kos'u tuttu. Kale düştüğü zaman, İskender, daha önce yakıp yıktığı bu küçük Adaprensliğinde kuvvet topladı.
İskender'in zaptından sonra Halikarnas bir daha eski gücünü kazanamadı. Şehrin tarihi bir süre daha hareketsiz geçti, ancak bilindiğine göre, M.Ö. 3'cü yüzyılda bu şehirde savaş gemileri inşa ettiren Mısır Kralı II. Pitoleme'nin gücü altına girdi. Roma, Mısır'I M.Ö. 190 yılında fethettiğinde, Halikarnas da özgürlüğüne kavuştu. Bu özgürlük, M.Ö. 129 yılında Roma,
Karya'yı da Asya'daki yeni yapısına katıncaya kadar sürdü. M.S. 400 yılında, Roma'nın düşüşü ve Hıristiyanlığın yükselişiyle Halikarnas, Afrodisyas Başpiskoposlugu'na bağlı olarak, bir piskoposluk mıntıkasına dönüştü. Bu sırada, başkenti Konstantinopol (bugünkü İstanbul) olan Bizans imparatorluğu, en zengin seviyesine ulaştı. Bu geniş imparatorluk çok geçmeden Kuzey Afrika, İtalya ve İspanya'yı da topraklarına kattı. Ancak Bodrum ve havalisinin önemli olduğu dönem sona ermişti. Böylece, Türklerin 11. Asırda bu bölgeyi almalarına kadar, tarihçiler için, bu topraklar hakkında yazabildikleri çok az olay olmuştur. Bizanslılar burayı birinci Haçlı dönemi sırasında 1906'da ele geçirdilerse de, Türkler üç yıl sonra burayı geri aldılar.
13.y.y. sonlarına doğru, Karya olarak bilinen bölge Menteşe Beyliği'nin eyaletlerinden biri oldu ve 1392'de Sultan Bayezit tarafından Osmanlı İmparatorluğu'na katıldı. Bu sırada Aziz John şövalyelerinin kalesi Simirna'daydı (bugünkü İzmir). Moğol lideri Timurlenk 1402'de burayı harabetti; onlar da, Türk Sultanı Mehmet Çelebi'den, yerine yeni toprak talep ettiler. Şövalyelere Halikarnas verildi. Burada yeni bir kale inşa ettiler ve bu eyaleti (buraya Mesi derlerdi) yüzyıldan fazla denetlediler.
1523'de, tüm sultanların en büyüğü Kanuni Sultan Süleyman, şövalyeleri topraklarından kovdu. Osmanlı İmparatorluğu Sultan Süleyman'ın 40 yıllık hükümdarlığı boyunca doruğa yükseldi, fakat bunu uzun süren iç krizler ve düşüş dönemleri takip etti.
Bodrum 1770'de Rus donanması tarafından top ateşine tutuldu ve 1824'deki Yunan ayaklanmasında da Türk Donanma Üssü olarak kullanıldı. Birinci Dünya Savaşı sırasında "Duplex" adlı Fransız savaş gemisi Bodrum'u ateşe tutarak, karaya yanaşmak istedi, ancak halk onları engelledi. Osmanlı İmparatorluğu, Bodrum'u İtalyanlara kaptırdı ve İtalyanlar 1919'da burayı işgal ettiler. Türk Kurtuluş Savaşı'nın kaçınılmaz zaferi sırasında, İtalyanlar 1922'de buradan sürüldü ve Bodrum, olağanüstü güzellikteki doğal çevresinden dolayı, dinlence yeri ve yaşamın tadı çıkarılan bir belde oldu.